会計監査人設置会社の定款変更と登記｜条文例・添付書面・登録免許税

会計監査人を置く会社（会計監査人設置会社）になる手続は、定款に会計監査人を置く旨を定め、株主総会で会計監査人を選任し、2週間以内に登記するという3つが柱です。大会社に該当して義務として置く場合も、上場準備などで任意に置く場合も、選任と登記の流れは変わりません。

この記事では、定款変更の条文例、登記申請書に書く事項、添付書面のチェックリスト、登録免許税までを、会社法・商業登記法・登録免許税法の条文で整理しました。先に全体のスケジュールを示し、そのあと各書面の作り方に進みます。

会計監査人設置までの手続と期限

会計監査人設置会社になるための手続は、株主総会を中心に前後の準備と登記で構成されます。定款変更と会計監査人の選任は同じ株主総会で決議するのが通常の段取りで、登記はその変更が生じた日から2週間以内です（会社法 第915条第1項）。

そもそも自社に設置義務があるかどうかは、最終事業年度の貸借対照表で資本金5億円以上または負債の部の合計額200億円以上かを見て判定します（会社法 第2条第6号、第328条）。義務の判定そのものは次のコラムで詳しく整理しているため、本記事では「置くと決めた後の書面と登記」に絞って解説します。

関連コラム会計監査人の設置義務がある会社は？大会社・委員会設置会社の判定フロー▸

会計監査人を置くための定款変更の条文例

株式会社は、定款の定めによって会計監査人を置くことができます（会社法 第326条第2項）。定款変更は株主総会の決議によって行い（会社法 第466条）、議決権の過半数（定款で3分の1以上の割合を定めた場合はその割合）を有する株主が出席し、出席株主の議決権の3分の2以上の賛成を要する特別決議です（会社法 第309条第2項第11号）。

なお、大会社は会社法の規定により会計監査人を置かなければならない会社として、それ自体で会計監査人設置会社に当たります（会社法 第2条第11号）。そのため義務設置の場合は定款変更が設置の要件ではありませんが、機関の構成を定款上も明らかにしておくと、定款・登記・実際の機関構成の対応が一目で分かるようになります。

機関の条項に「会計監査人」を加える

多くの会社の定款には、置いている機関を列挙した条項があります。まずこの条項に会計監査人を追加します。以下は取締役会と監査役を置いている会社の例です。

（変更前）

第○条（機関）　当会社は、株主総会及び取締役のほか、次の機関を置く。

（1）取締役会　（2）監査役

（変更後）

第○条（機関）　当会社は、株主総会及び取締役のほか、次の機関を置く。

（1）取締役会　（2）監査役　（3）会計監査人

会計監査人の章を設ける場合の条文例

機関の条項に加えて、会計監査人に関する章を設ける会社もあります。条文の内容は会社法の規定を確認的に定めるもので、次のような構成が基本です。

第○章　会計監査人

第○条（選任方法）　会計監査人は、株主総会の決議によって選任する。

第○条（報酬等）　会計監査人の報酬等は、代表取締役が監査役の同意を得て定める。

選任方法は会社法第329条第1項、報酬等の同意は会社法第399条第1項に対応しています。監査役会設置会社では報酬等の条項の「監査役」を「監査役会」と書き換えます（会社法 第399条第2項）。

責任限定契約の定めを置く場合

会計監査人との間で責任限定契約を締結できるようにするには、その旨を定款で定めておく必要があります（会社法 第427条第1項）。設置と同時に定めるなら、同じ株主総会で次のような条項を加えます。

第○条（会計監査人の責任限定契約）　当会社は、会社法第427条第1項の規定により、会計監査人との間で、同法第423条第1項の責任を限定する契約を締結することができる。ただし、当該契約に基づく責任の限度額は、法令が規定する額とする。

この定めを置いた場合は、定款の定めそのものが登記事項になります（会社法 第911条第3項第25号）。設置の登記と同じ申請で登記しておかないと、別途の登記が必要になります。契約を結ぶかどうかは監査法人との契約交渉で決まるため、定款に定めを置く前に先方の方針を確認しておくと手戻りがありません。

会社法監査・会計監査人の選任は公認会計士へ 大手品質×中堅価格の会社法監査｜公認会計士事務所プライムパートナーズ 無料見積り・ご相談はこちら▸

あわせて見直す定款規定と機関

会計監査人の条項だけを追加して終わると、ほかの定款規定や機関構成と矛盾が生じることがあります。設置の議案を作る段階で、次の3点を必ず確認します。

監査役が置かれているか

会計監査人設置会社は、監査等委員会設置会社・指名委員会等設置会社を除き、監査役を置かなければなりません（会社法 第327条第3項）。監査役を置いていない会社は、会計監査人の設置と同時に監査役を置く定款変更と監査役の選任が必要です。さらに、公開会社である大会社は監査役会も置く必要があり（会社法 第328条第1項）、監査役会設置会社は取締役会を置かなければなりません（会社法 第327条第1項第2号）。

監査役の監査範囲を会計に限定する定めの廃止

非公開会社でよく見られるのが、監査役の監査の範囲を会計に関するものに限定する定款の定めです。この定めを置けるのは公開会社でない株式会社のうち監査役会設置会社と会計監査人設置会社を除く会社に限られるため（会社法 第389条第1項）、会計監査人を置くときはこの定めを廃止しなければなりません。

見落としやすいのは、この定めを廃止する定款変更をすると、その効力が生じた時に現任の監査役の任期が満了する点です（会社法 第336条第4項第3号）。同じ株主総会で監査役を改めて選任しておかないと、監査役が欠けた状態になります。監査範囲を限定する旨の定款の定めは登記事項でもあるため（会社法 第911条第3項第17号）、その廃止と監査役の退任・就任も、会計監査人の設置と同じ機会に登記します。

議案内容を決める監査役の決定

監査役設置会社では、株主総会に提出する会計監査人の選任議案の内容は監査役が決定します（会社法 第344条第1項）。取締役会だけで候補者を決めて招集してしまうと、手続を欠いた議案になります。議案の書き方と監査役会議事録の記載例は、次のコラムで詳しく解説しています。

関連コラム会計監査人の選任議案と監査役会の同意｜記載例と決議要件▸

設置時の登記事項と申請書の記載事項

会計監査人設置会社であるときは、その旨と会計監査人の氏名又は名称が登記事項です（会社法 第911条第3項第19号）。これらに変更が生じたときは、2週間以内に本店の所在地で変更の登記をしなければならず（会社法 第915条第1項）、登記を怠ると100万円以下の過料の対象になります（会社法 第976条第1号）。

申請書に書く事項

登記の申請は書面で行い、申請書には商業登記法第17条第2項が定める事項を記載します。設置時の申請に当てはめると、次のとおりです。

登記すべき事項は、たとえば次のような形で記載します。監査法人が会計監査人の場合、登記されるのは監査法人の名称で、職務を行う社員（業務執行社員）の氏名は登記事項ではありません（会社法 第911条第3項第19号）。

登記すべき事項（記載のイメージ）

○年○月○日会計監査人設置会社の定め設定

会計監査人　○○監査法人　○年○月○日就任

監査役の監査範囲を限定する定めの廃止や監査役の退任・就任、責任限定契約の定款の定めを同時に登記する場合は、それぞれの登記の事由と登記すべき事項を同じ申請書に追加します。

添付書面チェックリスト

会計監査人設置会社の定めを設定し、会計監査人が就任したことによる変更登記では、次の書面を添付します。申請前にこのリストで漏れがないかを確認してください。

• 株主総会議事録: 定款変更と会計監査人の選任を決議した総会のもの（商業登記法 第46条第2項）
• 株主リスト: 議決権割合の上位10名、または上位から加算して3分の2に達するまでの人数のうち少ない人数の株主の氏名・住所・株式数・議決権数等を証する書面（商業登記規則 第61条第3項）
• 就任を承諾したことを証する書面: 会計監査人からの就任承諾書（商業登記法 第54条第2項第1号）
• 会計監査人が監査法人の場合: 監査法人の登記事項証明書。ただし、その主たる事務所が同じ登記所の管轄区域内にある場合は不要です（商業登記法 第54条第2項第2号）。申請書に会社法人等番号を記載した場合も添付を省略できます（商業登記法 第19条の3、商業登記規則 第36条の3）
• 会計監査人が個人の公認会計士の場合: 公認会計士であることを証する書面（商業登記法 第54条第2項第3号）
• 委任状: 代理人が申請する場合（商業登記法 第18条）

取締役・監査役・執行役の就任（再任を除く）では、就任承諾書に記載した氏名・住所と同じ内容の本人確認証明書が必要ですが（商業登記規則 第61条第7項）、この規定の対象に会計監査人は含まれていません。一方で、監査範囲限定の定めの廃止に伴って従来と異なる人を監査役に選任した場合は、再任に当たらないため、その監査役について本人確認証明書を用意します（商業登記規則 第61条第7項）。

登録免許税の計算

設置時の登記の登録免許税は、登録免許税法別表第一第24号（一）の区分ごとに、申請件数1件単位で計算します。会計監査人の就任は「会計監査人に関する事項の変更の登記」に当たり、会計監査人設置会社の定めの設定は「登記事項の変更の登記」の区分に入ります。

資本金1億円超の会社が会計監査人設置会社の定めを設定し、会計監査人が就任する登記だけを申請する場合の計算は次のとおりです。

資本金1億円以下の会社であれば、就任分が1万円になるため合計4万円です。税額は区分ごとに申請件数1件単位で定められているため、監査役の退任・就任のように同じカ区分に当たる登記を同じ申請にまとめても、カ区分の税額は1件分です。一方、監査役会の設置のようにワ区分に当たる登記を加えると、その3万円が別に加算されます。申請書を作る段階で、区分ごとに積み上げて確認します。

任意設置で押さえておくこと

大会社でない会社も、定款の定めによって会計監査人を置くことができます（会社法 第326条第2項）。任意に置いた場合も会計監査人設置会社に当たり（会社法 第2条第11号）、計算書類とその附属明細書は監査役と会計監査人の監査を受けなければなりません（会社法 第436条第2項第1号）。「任意だから監査の範囲を軽くできる」という仕組みではない点に注意が必要です。

一方で、会計監査人設置会社には会社法上の特則もあります。取締役会の承認を受けた計算書類が法務省令で定める要件を満たす場合は、定時株主総会の承認に代えて報告で足ります（会社法 第439条）。また、取締役の任期などの条件を満たす会社は、剰余金の配当等を取締役会で定めることができる旨を定款で定められます（会社法 第459条第1項、第2項）。

上場準備の過程で会計監査人を任意に置く場合は、監査法人との契約時期、最初に監査対象となる事業年度、機関設計の変更をひとつのスケジュールで管理するのが実務のポイントです。監査法人の選定では、次のコラムの判定表も参考になります。

関連コラム監査法人の選び方7つの基準｜判定表と相見積りの進め方▸

実務で起きやすい誤り

設置時の手続でつまずくのは、会計監査人の条項そのものよりも、周辺の定款規定や登記の抜け漏れです。実務で多いものを挙げます。

• 監査範囲限定の定めを残したまま設置する: 会計監査人設置会社は監査範囲限定の定めを置けません（会社法 第389条第1項）。廃止すると監査役の任期が満了するため、同じ総会で監査役の選任も行います（会社法 第336条第4項第3号）。
• 定款変更を普通決議で可決したと扱う: 定款変更は特別決議です（会社法 第309条第2項第11号）。議事録の賛成数が要件を満たしているかを確認します。
• 就任承諾書の受領が総会後にずれ込む: 就任の時期と登記すべき事項の日付が変わり、2週間の期限の起算にも影響します。総会前に承諾書の文案を監査法人と合意しておきます。
• 責任限定契約の定めを登記し忘れる: 定款の定めは登記事項です（会社法 第911条第3項第25号）。設置の登記と同じ申請に含めます。
• 2週間の期限を過ぎる: 登記を怠ると100万円以下の過料の対象になります（会社法 第915条第1項、第976条第1号）。総会の翌週には申請書と添付書面をそろえられるよう、総会前に準備を終えておきます。

設置後は、最初の監査対象となる事業年度に向けて、開始残高の検証など初年度特有の準備が始まります。

関連コラム初年度監査の準備｜開始残高の検証と追加で求められる資料一覧▸

まとめ

会計監査人設置会社になる手続は、定款変更・選任・登記の3点に集約されますが、実際には監査役の設置や監査範囲限定の定めの廃止など、周辺の定款規定と一体で設計する必要があります。

• 定款に会計監査人を置く旨を定める変更は、株主総会の特別決議で行います（会社法 第326条第2項、第309条第2項第11号、第466条）。
• 会計監査人設置会社は原則として監査役が必要で、監査範囲を会計に限定する定めは廃止します。廃止すると現任の監査役の任期が満了します（会社法 第327条第3項、第389条第1項、第336条第4項第3号）。
• 会計監査人設置会社である旨と会計監査人の氏名又は名称を、変更から2週間以内に登記します（会社法 第911条第3項第19号、第915条第1項）。
• 添付書面は株主総会議事録・株主リスト・就任承諾書と、監査法人の登記事項証明書または公認会計士であることを証する書面です（商業登記法 第46条第2項、第54条第2項、商業登記規則 第61条第3項）。
• 登録免許税は、就任分3万円（資本金1億円以下は1万円）と定めの設定分3万円の合計が基本です（登録免許税法 別表第一 第24号（一）カ、ツ）。

機関設計の変更は、会社の資本構成や監査役の状況によって必要な議案と登記の組合せが変わります。具体的なケースは公認会計士へのご相談をおすすめします。

参考文献

• e-Gov法令検索　会社法
• e-Gov法令検索　商業登記法
• e-Gov法令検索　商業登記規則
• e-Gov法令検索　登録免許税法
• 法務省　会計監査人の設置・登記について

よくある質問

会計監査人を置く定款変更は普通決議でよいですか。

定款変更は株主総会の特別決議が必要です。原則として、議決権を行使できる株主の議決権の過半数を有する株主が出席し、出席した株主の議決権の3分の2以上の賛成で決議します（会社法 第466条、第309条第2項第11号）。会計監査人の選任そのものは、同じ総会で別の議案として決議します（会社法 第329条第1項）。

会計監査人設置の登記はいつまでに申請しますか。

会計監査人設置会社である旨と会計監査人の氏名又は名称は登記事項で、変更が生じたときから2週間以内に本店の所在地で変更の登記をしなければなりません（会社法 第911条第3項第19号、第915条第1項）。登記を怠った場合は100万円以下の過料の対象になります（会社法 第976条第1号）。

設置時の登記の登録免許税はいくらですか。

会計監査人の就任分が申請件数1件につき3万円（資本金の額が1億円以下の会社は1万円）、会計監査人設置会社の定めの設定分が3万円で、合計6万円（資本金1億円以下の会社は4万円）が基本です（登録免許税法 別表第一 第24号（一）カ、ツ）。監査役会の設置などを同時に登記する場合は、その区分の税額が加わります。

監査法人を会計監査人にする場合、担当の公認会計士の氏名も登記しますか。

登記事項は会計監査人の氏名又は名称であり、監査法人の場合は法人の名称を登記します（会社法 第911条第3項第19号）。職務を行うべき社員は監査法人が選定して会社に通知しますが（会社法 第337条第2項）、その氏名は登記事項ではありません。

監査役の監査範囲を会計に限定している会社でも会計監査人を置けますか。

置けますが、監査範囲を会計に限定する定款の定めは会計監査人設置会社には認められないため、設置と同時に廃止する必要があります（会社法 第389条第1項）。廃止の定款変更が効力を生じた時に監査役の任期は満了するため（会社法 第336条第4項第3号）、同じ株主総会で監査役を選任し、その退任・就任と定めの廃止もあわせて登記します（会社法 第911条第3項第17号）。