吸収合併の会計監査人【判定表】存続会社・消滅会社の地位と選任手続

吸収合併をすると、会計監査人の扱いは「存続会社」と「消滅会社」で大きく分かれます。結論から言えば、消滅会社の会計監査人は存続会社に引き継がれず、存続会社の会計監査人は合併後もそのまま在任します。そして、合併で資本金や負債が膨らんだ存続会社は、効力発生日ではなく合併後最初の定時株主総会で計算書類が承認された時点で大会社となり、会計監査人を置く義務を負います。

この記事では、合併の当事会社ごとに会計監査人がどうなるかを判定表で整理し、存続会社が大会社になる場合の判定時点・選任手続・登記までを、会社法の条文に沿って確認します。

吸収合併と会計監査人の判定表

まず、合併の形ごとに会計監査人がどうなるかを一覧にします。自社がどの行に当たるかを確かめてから、該当する見出しへ進んでください。

大会社とは、最終事業年度に係る貸借対照表で資本金が5億円以上、または負債の部の合計額が200億円以上の株式会社をいいます（会社法 第2条第6号）。公開会社である大会社は監査役会と会計監査人を、公開会社でない大会社は会計監査人を置かなければなりません（会社法 第328条第1項・第2項）。監査等委員会設置会社と指名委員会等設置会社は、規模を問わず会計監査人が必要です（会社法 第327条第5項）。

消滅会社の会計監査人の地位

効力発生日に消滅会社は解散する

株式会社は、合併により消滅する場合に解散します（会社法 第471条第4号）。吸収合併存続株式会社は、効力発生日に消滅会社の権利義務を承継します（会社法 第750条第1項）。会社そのものがなくなるため、消滅会社の機関として選任されていた会計監査人も、その会社の会計監査人としての立場を失います。

登記の面では、効力発生日から2週間以内に、本店所在地で消滅会社について解散の登記を、存続会社について変更の登記をします（会社法 第921条）。合併の登記の後でなければ、消滅会社の解散を第三者に対抗できない点にも注意します（会社法 第750条第2項）。

会計監査人が存続会社に引き継がれない理由

会計監査人は、それぞれの会社の株主総会の決議によって選任されます（会社法 第329条第1項）。吸収合併契約で定めなければならない事項は、当事会社の商号・住所、合併対価、割当て、新株予約権の扱い、効力発生日などで、会計監査人は含まれていません（会社法 第749条第1項）。

これに対して新設合併では、新設合併設立株式会社が会計監査人設置会社である場合、新設合併契約で設立時会計監査人の氏名または名称を定めます（会社法 第753条第1項第5号ハ）。吸収合併では存続会社がもともと存在しているため、こうした定めが置かれていません。

そのため、消滅会社を監査していた監査法人に合併後も存続会社の監査を任せたいときは、存続会社の側で改めて会計監査人として選任する必要があります。実務では「同じ監査法人だから自動的に続く」と思い込み、存続会社の選任議案を準備していなかったという行き違いが起こりがちです。

消滅会社側で合併前に確認しておくこと

消滅会社が会計監査人設置会社である場合は、効力発生日と、消滅会社の決算日・定時株主総会の日程との前後関係を合併スケジュールの段階で確認しておきます。監査契約の終了時期や、存続会社の監査人への情報の受け渡しをどうするかも、監査法人と早めにすり合わせておくと、合併後の最初の決算で慌てずに済みます。

合併の会計処理（取得か共通支配下の取引か、抱合せ株式の処理など）は、別のコラムで仕訳とあわせて整理しています。

関連コラム吸収合併の会計処理と仕訳｜取得と共通支配下の判定・抱合せ株式▸

存続会社の会計監査人の地位

任期は合併で変わらない

会計監査人の任期は、選任後1年以内に終了する事業年度のうち最終のものに関する定時株主総会の終結の時までです（会社法 第338条第1項）。その定時株主総会で別段の決議がなければ、再任されたものとみなされます（会社法 第338条第2項）。任期が途中で満了するのは、会計監査人を置く旨の定款の定めを廃止したときなどに限られ（会社法 第338条第3項）、吸収合併をしたこと自体は任期に影響しません。

監査の対象は承継した資産・負債まで広がる

会計監査人は、計算書類とその附属明細書、臨時計算書類、連結計算書類を監査します（会社法 第396条第1項）。合併後の存続会社の計算書類には消滅会社から承継した資産・負債が含まれるため、会計監査人の監査範囲もそれだけ広がります。会計監査人は会計帳簿の閲覧・謄写や会計に関する報告の請求ができ、職務に必要なときは子会社への報告請求や業務・財産の調査もできます（会社法 第396条第2項・第3項）。

実務では、消滅会社の勘定残高や会計方針の違いを監査人が確認できるよう、合併の効力発生前から存続会社の会計監査人と情報を共有しておくのが安全です。合併で取引先や子会社の範囲が変わる場合は、次の独立性の確認もあわせて行います。

合併で生じる欠格事由の点検

会社の子会社やその役員から、公認会計士・監査法人の業務以外の業務で継続的な報酬を受けている者は、会計監査人になれません（会社法 第337条第3項第2号）。消滅会社の子会社が合併で存続会社の子会社になると、在任中の会計監査人とその新しい子会社との間に非監査業務の契約がないかが論点になります。合併契約の締結前に、監査法人側で独立性の確認をしてもらう段取りを組んでおきます。

合併で大会社になる存続会社の判定時点

効力発生日ではなく定時株主総会の承認時

大会社かどうかは、効力発生日の資本金や負債の額では判定しません。基準になるのは「最終事業年度に係る貸借対照表」です（会社法 第2条第6号）。最終事業年度とは、計算書類について定時株主総会の承認（会計監査人設置会社で承認特則が使える場合は取締役会の承認）を受けた事業年度のうち、最も遅いものをいいます（会社法 第2条第24号）。

つまり、期中に合併して資本金が5億円以上になっても、その事業年度の計算書類が定時株主総会で承認されるまでは大会社ではありません。たとえば次のような会社で考えます。

• 3月決算の公開会社でない株式会社（取締役会・監査役設置会社）。合併前の資本金は3億円、負債は80億円
• 2027年4月1日を効力発生日として子会社を吸収合併し、資本金が6億円に増加

この場合、合併を含む2028年3月期の計算書類が2028年6月の定時株主総会で承認された時点で、資本金6億円の貸借対照表が最終事業年度の貸借対照表となり、大会社に該当します。会計監査人の監査を受けるのは、それ以降に作成する計算書類、すなわち2029年3月期の計算書類からです（会社法 第436条第2項第1号）。

関連コラム会社法監査の要件と開始時期｜大会社の判定時点と会計監査人の選任▸

資本金の増加額は吸収合併契約で決まる

合併対価として存続会社の株式を交付する場合、その株式の数とともに、資本金及び準備金の額に関する事項も吸収合併契約で決めておく必要があります（会社法 第749条第1項第2号イ）。資本金と資本剰余金の増加額は、株主資本等変動額の範囲内で、吸収合併契約の定めに従って存続会社が定めた額となります（会社計算規則 第35条第2項）。

このため、資本金基準については、合併契約で資本金に組み入れる額によって5億円を超えるかどうかが変わります。一方、負債基準（200億円以上）は承継する負債の額で決まるため、契約の定め方では動きません。合併契約の案を作る段階で、合併後の資本金と負債合計の見込みを並べ、大会社になるかどうかを先に試算しておくことをおすすめします。

公開会社なら監査役会も必要になる

合併で大会社になる存続会社が公開会社の場合、会計監査人だけでなく監査役会も置かなければなりません（会社法 第328条第1項）。監査役会設置会社では、監査役は3人以上で、そのうち半数以上は社外監査役でなければならず（会社法 第335条第3項）、常勤の監査役を選定する必要もあります（会社法 第390条第3項）。また、監査等委員会設置会社・指名委員会等設置会社以外の会計監査人設置会社は、監査役を置かなければなりません（会社法 第327条第3項）。会計監査人の候補探しとあわせて、監査役の人選も早めに始めることになります。

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合併後最初の定時株主総会での選任手続

大会社になった時点で会計監査人がいない状態を避けるため、実務では、大会社となる定時株主総会で計算書類の承認とあわせて、定款変更と会計監査人の選任を決議する形がとられます。手続の流れは次のとおりです。

1. 候補者の選定と欠格事由の確認：会計監査人は公認会計士または監査法人でなければならず、欠格事由に当たる者は選任できません（会社法 第337条第1項・第3項）。
2. 監査役による議案内容の決定：会計監査人の選任議案の内容は監査役が決定し、監査役会設置会社では監査役会が決定します（会社法 第344条第1項・第3項）。
3. 株主総会参考書類の作成：候補者の名称・主たる事務所の所在場所・沿革、監査役が候補者とした理由などを記載します（会社法施行規則 第77条）。
4. 定款変更と選任決議：会計監査人を置く旨を定款に定め（会社法 第326条第2項）、株主総会の決議で会計監査人を選任します（会社法 第329条第1項）。
5. 登記：会計監査人設置会社である旨と会計監査人の氏名または名称は登記事項で（会社法 第911条第3項第19号）、変更が生じてから2週間以内に本店所在地で変更の登記をします（会社法 第915条第1項）。

選任された会計監査人の任期は、選任後1年以内に終了する事業年度のうち最終のものに関する定時株主総会の終結の時までで、その後は別段の決議がなければ毎年再任とみなされます（会社法 第338条第1項・第2項）。

なお、合併を承認する株主総会（会社法 第795条第1項）の段階で、規模にかかわらず任意に会計監査人を置くことも可能です（会社法 第326条第2項）。合併事業年度から監査を受けておくと、大会社になってから初めて監査を受ける場合に比べ、期首残高の確認などの負担を前倒しで分散できます。どちらを選ぶかは、監査報酬と準備期間を比べて判断します。

関連コラム会計監査人設置会社の定款変更と登記｜条文例・添付書面・登録免許税▸

選任が間に合わない場合のリスク

会計監査人が法律または定款で定めた員数を欠くこととなったのに、その選任（一時会計監査人の職務を行うべき者の選任を含む）の手続を怠ったときは、取締役等が100万円以下の過料の対象になります（会社法 第976条第22号）。

会計監査人が欠けた場合に遅滞なく選任されないときは、監査役（監査役会設置会社では監査役会）が一時会計監査人の職務を行うべき者を選任しなければなりません（会社法 第346条第4項・第6項）。一時会計監査人を置いたときはその氏名または名称も登記事項です（会社法 第911条第3項第20号）。ただし一時会計監査人はあくまで応急の措置です。合併のスケジュールを組む段階で、定時株主総会での正式な選任まで見通しておくことが基本になります。

関連コラム一時会計監査人の選任【記載例】監査役会議事録・登記と任期▸

吸収合併前に確認する会計監査人チェックリスト

合併の準備段階で、会計監査人について次の点を確認しておくと、手続の漏れを防げます。

• 存続会社・消滅会社のそれぞれが会計監査人設置会社かどうか（登記事項で確認）
• 消滅会社の監査法人に、合併後も存続会社の監査を任せるかどうか（任せるなら存続会社で選任議案を準備）
• 吸収合併契約で資本金に組み入れる額と、合併後の資本金が5億円以上になるかどうか
• 承継後の負債の部の合計額が200億円以上になるかどうか
• 大会社になる定時株主総会の時期と、その総会までに監査役（会）の議案決定・参考書類の準備が間に合うか
• 公開会社の場合、監査役会（3人以上・半数以上が社外監査役・常勤監査役の選定）の体制が整うか
• 在任中の会計監査人と、合併で新たに子会社となる会社との間に非監査業務の契約がないか
• 定款変更・選任後2週間以内の変更登記の段取り

まとめ

吸収合併では、消滅会社は効力発生日に解散し、その会計監査人は存続会社に引き継がれません。存続会社の会計監査人は合併後も在任し、任期も変わりません。合併で資本金5億円以上または負債200億円以上となる存続会社は、合併事業年度の計算書類が定時株主総会で承認された時点で大会社となるため、その総会で定款変更と会計監査人の選任を行い、2週間以内に登記するのが基本の流れです。資本金の額は吸収合併契約の定めで変わるので、契約案の段階で大会社になるかどうかを試算しておくと、監査人探しと機関設計の準備に余裕が生まれます。

合併の形や規模、機関設計によって必要な手続は変わります。具体的なケースは公認会計士へのご相談をおすすめします。公認会計士事務所プライムパートナーズ／株式会社プライムパートナーズコンサルティングでは、合併後に大会社となる会社の会計監査人の受嘱や、監査開始までの準備のご相談を承っています。

参考文献

• e-Gov法令検索　会社法
• e-Gov法令検索　会社法施行規則
• e-Gov法令検索　会社計算規則

よくある質問

消滅会社の会計監査人は、合併後に存続会社の会計監査人になりますか。

なりません。消滅会社は合併により解散し（会社法 第471条第4号）、会計監査人は各社の株主総会で選任されるため（会社法 第329条第1項）、同じ監査法人に存続会社の監査を任せる場合も、存続会社の株主総会での選任が必要です。

合併で資本金が5億円を超えたら、すぐに会計監査人が必要ですか。

効力発生日に直ちに必要になるわけではありません。大会社の判定は最終事業年度に係る貸借対照表で行うため（会社法 第2条第6号・第24号）、合併事業年度の計算書類が定時株主総会で承認された時点で大会社となり、会計監査人の設置義務が生じます。

存続会社の会計監査人の任期は、合併で変わりますか。

変わりません。任期は選任後1年以内に終了する事業年度のうち最終のものに関する定時株主総会の終結の時までで（会社法 第338条第1項）、合併は任期満了の事由ではありません。

合併後の資本金を5億円未満に抑えることはできますか。

合併対価として存続会社の株式を交付する場合、資本金と資本剰余金の増加額は株主資本等変動額の範囲内で吸収合併契約の定めに従って決まります（会社法 第749条第1項第2号イ、会社計算規則 第35条第2項）。ただし、負債の部の合計額が200億円以上になれば大会社に該当するため、負債基準もあわせて確認が必要です。